MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lactobacillus reuteri SD2112 plasmid pLR585

Total Repeats: 293

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015698	TTAT	2	8	6	13	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015698	T	7	7	47	53	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015698	CG	3	6	62	67	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_015698	T	6	6	86	91	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015698	TG	3	6	97	102	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015698	TGG	2	6	153	158	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015698	TATT	2	8	197	204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015698	ATA	2	6	253	258	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015698	A	7	7	270	276	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015698	TGAC	2	8	278	285	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_015698	AAT	2	6	291	296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015698	GTCA	2	8	307	314	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_015698	AGG	2	6	383	388	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015698	ACA	2	6	401	406	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202337
15	NC_015698	TAT	2	6	409	414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
16	NC_015698	A	7	7	432	438	100 %	0 %	0 %	0 %	338202337
17	NC_015698	TTA	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
18	NC_015698	A	6	6	562	567	100 %	0 %	0 %	0 %	338202337
19	NC_015698	GGC	2	6	572	577	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
20	NC_015698	GAT	2	6	611	616	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202337
21	NC_015698	GCG	2	6	617	622	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
22	NC_015698	TTTA	2	8	657	664	25 %	75 %	0 %	0 %	338202337
23	NC_015698	GGC	2	6	680	685	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202337
24	NC_015698	GCC	2	6	717	722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
25	NC_015698	GAA	2	6	772	777	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202337
26	NC_015698	A	6	6	776	781	100 %	0 %	0 %	0 %	338202337
27	NC_015698	TGC	2	6	826	831	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202337
28	NC_015698	TGA	2	6	862	867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202337
29	NC_015698	AAG	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202337
30	NC_015698	TGC	2	6	948	953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202337
31	NC_015698	TG	3	6	987	992	0 %	50 %	50 %	0 %	338202337
32	NC_015698	ATC	2	6	1004	1009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202337
33	NC_015698	CAC	2	6	1081	1086	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202337
34	NC_015698	AAGC	2	8	1112	1119	50 %	0 %	25 %	25 %	338202337
35	NC_015698	CAT	2	6	1198	1203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202337
36	NC_015698	GCC	2	6	1214	1219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
37	NC_015698	CGC	2	6	1245	1250	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202337
38	NC_015698	TTA	2	6	1276	1281	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202337
39	NC_015698	CAAA	2	8	1349	1356	75 %	0 %	0 %	25 %	338202338
40	NC_015698	ATG	2	6	1395	1400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202338
41	NC_015698	GTG	2	6	1408	1413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
42	NC_015698	TGC	2	6	1474	1479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
43	NC_015698	GGC	2	6	1493	1498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
44	NC_015698	GTC	2	6	1563	1568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
45	NC_015698	ATT	2	6	1575	1580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
46	NC_015698	TGA	2	6	1606	1611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202338
47	NC_015698	AAG	2	6	1630	1635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202338
48	NC_015698	CCG	2	6	1693	1698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	338202338
49	NC_015698	GGT	2	6	1773	1778	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
50	NC_015698	TTGG	2	8	1981	1988	0 %	50 %	50 %	0 %	338202338
51	NC_015698	AAC	2	6	2016	2021	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202338
52	NC_015698	CCA	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202338
53	NC_015698	ATT	2	6	2112	2117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
54	NC_015698	GGCT	2	8	2148	2155	0 %	25 %	50 %	25 %	338202338
55	NC_015698	ATT	2	6	2195	2200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
56	NC_015698	GGT	2	6	2206	2211	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
57	NC_015698	GTG	2	6	2223	2228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202338
58	NC_015698	GGC	2	6	2232	2237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
59	NC_015698	CGG	2	6	2255	2260	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202338
60	NC_015698	TCG	2	6	2377	2382	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
61	NC_015698	CTG	2	6	2395	2400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
62	NC_015698	TCAT	2	8	2455	2462	25 %	50 %	0 %	25 %	338202338
63	NC_015698	CTA	2	6	2498	2503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202338
64	NC_015698	CTG	2	6	2514	2519	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
65	NC_015698	CTG	2	6	2539	2544	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
66	NC_015698	GCT	2	6	2546	2551	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202338
67	NC_015698	TTC	2	6	2559	2564	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202338
68	NC_015698	GTT	2	6	2850	2855	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202338
69	NC_015698	TAT	2	6	2866	2871	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202338
70	NC_015698	TGT	2	6	2923	2928	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202339
71	NC_015698	TCA	2	6	2994	2999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202339
72	NC_015698	CCAA	2	8	3021	3028	50 %	0 %	0 %	50 %	338202339
73	NC_015698	ATT	2	6	3057	3062	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202339
74	NC_015698	ATC	2	6	3108	3113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202339
75	NC_015698	TGGCT	2	10	3157	3166	0 %	40 %	40 %	20 %	338202339
76	NC_015698	TGA	2	6	3234	3239	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202339
77	NC_015698	ACA	2	6	3283	3288	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
78	NC_015698	GCA	2	6	3292	3297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202339
79	NC_015698	AAC	2	6	3301	3306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
80	NC_015698	TCG	2	6	3361	3366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202339
81	NC_015698	CAA	2	6	3419	3424	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202339
82	NC_015698	CGG	2	6	3426	3431	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	338202339
83	NC_015698	CAC	2	6	3433	3438	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202339
84	NC_015698	ATTG	2	8	3514	3521	25 %	50 %	25 %	0 %	338202339
85	NC_015698	A	6	6	3570	3575	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015698	A	6	6	3654	3659	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015698	ATT	2	6	3755	3760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202340
88	NC_015698	A	6	6	3805	3810	100 %	0 %	0 %	0 %	338202340
89	NC_015698	AAC	2	6	3873	3878	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202340
90	NC_015698	TGA	2	6	3985	3990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202340
91	NC_015698	ATT	2	6	3999	4004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202340
92	NC_015698	CAA	2	6	4059	4064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202340
93	NC_015698	GAT	2	6	4125	4130	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202340
94	NC_015698	GAAA	2	8	4231	4238	75 %	0 %	25 %	0 %	338202340
95	NC_015698	ATA	2	6	4308	4313	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015698	GTG	2	6	4413	4418	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	338202341
97	NC_015698	AGTGA	2	10	4425	4434	40 %	20 %	40 %	0 %	338202341
98	NC_015698	ACG	2	6	4525	4530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202341
99	NC_015698	ATT	2	6	4540	4545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202341
100	NC_015698	TTCA	2	8	4549	4556	25 %	50 %	0 %	25 %	338202341
101	NC_015698	TCA	2	6	4724	4729	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
102	NC_015698	ATC	2	6	4754	4759	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
103	NC_015698	CCA	2	6	4776	4781	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202341
104	NC_015698	CAC	2	6	4794	4799	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202341
105	NC_015698	CCGA	2	8	4888	4895	25 %	0 %	25 %	50 %	338202341
106	NC_015698	CGT	2	6	4913	4918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202341
107	NC_015698	TAC	2	6	5016	5021	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202341
108	NC_015698	GCT	2	6	5139	5144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202341
109	NC_015698	AGC	2	6	5245	5250	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	338202341
110	NC_015698	TTTG	2	8	5347	5354	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015698	TGA	2	6	5487	5492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015698	ACA	2	6	5527	5532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015698	AAG	2	6	5572	5577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202342
114	NC_015698	CAA	2	6	5807	5812	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202342
115	NC_015698	CAA	2	6	5814	5819	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	338202342
116	NC_015698	ACGAA	2	10	5840	5849	60 %	0 %	20 %	20 %	338202342
117	NC_015698	GAA	2	6	5917	5922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202342
118	NC_015698	TAAAT	2	10	5955	5964	60 %	40 %	0 %	0 %	338202342
119	NC_015698	TA	3	6	5990	5995	50 %	50 %	0 %	0 %	338202342
120	NC_015698	A	7	7	6012	6018	100 %	0 %	0 %	0 %	338202342
121	NC_015698	AGAT	2	8	6102	6109	50 %	25 %	25 %	0 %	338202342
122	NC_015698	TAA	3	9	6111	6119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202342
123	NC_015698	A	6	6	6302	6307	100 %	0 %	0 %	0 %	338202342
124	NC_015698	TCG	2	6	6424	6429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_015698	AGC	2	6	6459	6464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015698	AGTG	2	8	6477	6484	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015698	T	7	7	6501	6507	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015698	T	6	6	6682	6687	0 %	100 %	0 %	0 %	338202343
129	NC_015698	AAG	2	6	6732	6737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202343
130	NC_015698	CTT	2	6	6743	6748	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
131	NC_015698	ACC	2	6	6819	6824	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	338202343
132	NC_015698	CAT	3	9	6851	6859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202343
133	NC_015698	TTC	2	6	6894	6899	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
134	NC_015698	TCT	2	6	6955	6960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202343
135	NC_015698	GT	3	6	6982	6987	0 %	50 %	50 %	0 %	338202343
136	NC_015698	ATCTAT	2	12	6999	7010	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	338202343
137	NC_015698	TGT	2	6	7027	7032	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	338202343
138	NC_015698	C	6	6	7052	7057	0 %	0 %	0 %	100 %	338202343
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140	NC_015698	AAAT	2	8	7095	7102	75 %	25 %	0 %	0 %	338202343
141	NC_015698	ATAAA	2	10	7110	7119	80 %	20 %	0 %	0 %	338202343
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144	NC_015698	TCT	2	6	7195	7200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_015698	A	7	7	7325	7331	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_015698	ACA	2	6	12261	12266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
262	NC_015698	CAA	2	6	12268	12273	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
263	NC_015698	ATT	3	9	12307	12315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	338202347
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269	NC_015698	CAT	2	6	12667	12672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202347
270	NC_015698	CTT	2	6	12681	12686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_015698	TAAA	2	8	12731	12738	75 %	25 %	0 %	0 %	338202348
272	NC_015698	AT	3	6	12759	12764	50 %	50 %	0 %	0 %	338202348
273	NC_015698	T	6	6	12859	12864	0 %	100 %	0 %	0 %	338202348
274	NC_015698	GCTGT	2	10	12865	12874	0 %	40 %	40 %	20 %	338202348
275	NC_015698	AAT	2	6	12898	12903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	338202348
276	NC_015698	TCA	2	6	12915	12920	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202348
277	NC_015698	AATT	2	8	12931	12938	50 %	50 %	0 %	0 %	338202348
278	NC_015698	GCGA	2	8	12952	12959	25 %	0 %	50 %	25 %	338202348
279	NC_015698	TTC	2	6	13011	13016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	338202348
280	NC_015698	GCT	2	6	13030	13035	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	338202348
281	NC_015698	TGGT	2	8	13044	13051	0 %	50 %	50 %	0 %	338202348
282	NC_015698	AAG	3	9	13094	13102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202349
283	NC_015698	ATC	2	6	13128	13133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	338202349
284	NC_015698	TGA	2	6	13149	13154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	338202349
285	NC_015698	AGA	2	6	13209	13214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	338202349
286	NC_015698	AC	3	6	13356	13361	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
287	NC_015698	A	6	6	13368	13373	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_015698	AACTT	2	10	13489	13498	40 %	40 %	0 %	20 %	338202350
289	NC_015698	T	6	6	13508	13513	0 %	100 %	0 %	0 %	338202350
290	NC_015698	GAG	2	6	13741	13746	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338202350
291	NC_015698	TCAC	2	8	13930	13937	25 %	25 %	0 %	50 %	338202350
292	NC_015698	GGA	2	6	14027	14032	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	338202350
293	NC_015698	TA	4	8	14106	14113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.